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PLATEFORMES TECHNOLOGIQUESProteomic Pissaro

Proteomique Pissaro

La plateforme protéomique PISSARO a été créée en 2003 afin de fournir une expertise et des moyens technologiques efficaces et reconnus à la communauté scientifique académique et industrielle dans le domaine de la séparation, l’identification et la quantification des protéines et des peptides.

Les acquisitions disponibles sur la plate-forme PISSARO ont été obtenues grâce à des financements (Région, FEDER, MESR, IBiSA, ANR, associations caritatives), conduisant à un parc instrumental qui représente plus de 3 millions d'euros d’investissement.

Un personnel qualifié est présent dans les différents départements de la plate-forme. Ainsi 17 membres (chercheurs, ingénieurs) participent à l'activité de la plate-forme et leur mission est orientée vers le fonctionnement, les activités de développement et la maintenance de domaines d'instrumentation spécifiques.

Une certification qualité ISO 9001 a été obtenue depuis près de 10 ans. Son objectif est de mettre en œuvre la qualité au moyen d'une procédure globale et structurée. Cette démarche s'étend à toutes les activités de la plate-forme et comprend tous les aspects de l'excellence: la satisfaction des utilisateurs et clients, l'amélioration constante de la qualité, le contrôle des coûts et des délais et l'innovation des processus. La plate-forme a ainsi reçu une nouvelle certification pour la plate-forme instrumentale / technologique: NFX-50-900 et est maintenant certifiée ISO9001 / V2015.


 


















La plateforme est largement ouverte aux laboratoires de recherche nationaux et étrangers, académiques ou privés. La plate-forme PISSARO a été impliquée dans de nombreux projets ANR et à de nombreux programmes internationaux. En outre, la plate-forme a construit un réseau de collaborations internationales et a développé un partenariat important avec des entreprises privées (BMS, Pfizer, MSD, Stago, Corrodys, Proteomic Solutions, GreenTech, Lactalis, Stallergènes, BioSIMS, Medicago). Un partenariat privilégié s’est mis en place avec la société Agilent Technologies et la plateforme PISSARO est aujourd’hui « Associated Lab » avec cette compagnie, leader dans le domaine de l’instrumentation scientifique.

La plate-forme est également très impliquée dans les formations supérieures et continues. Les étudiants et les doctorants ont accès à la plate-forme PISSARO pour mener à bien leurs projets de recherche (étudiants français et étrangers). Dans le cadre de différents partenariats, des formations ou des sessions de transfert de savoir-faire ont été également organisées.


Stratégie scientifique

L'objectif principal de la plate-forme PISSARO est d'offrir à la communauté scientifique une infrastructure dédiée à l'étude des protéines dans un large éventail de situations analytiques et de promouvoir l’innovation afin d’élargir le répertoire des stratégies proposées.
Bien que la plate-forme soit largement ouverte à l'analyse des protéines dans tous les domaines, les développements spécifiques autour d’applications ciblées ont été définis comme prioritaires:
  • La recherche translationnelle avec l'identification de biomarqueurs à des fins diagnostiques, pronostiques et théranostiques, en particulier dans le contexte des maladies auto-immunes,
  • La caractérisation de glycoprotéines et en particulier de protéines thérapeutiques glycosylées,
  • La rechercher de cibles protéiques impliquées dans les mécanismes d'adhésion et de résistance bactérienne,
  • Le développement d’une expertise et d’un savoir-faire dans le domaine des modifications post-traductionnelles,
  • La recherche et la quantification de peptides endogènes dans des matrices complexes de type tissus ou fluides biologiques.

















Ces projets sont réalisés avec nos différents partenaires et certains d'entre eux sont cités ci-dessous comme exemples illustratifs à travers les publications réalisées récemment (Peixoto et al, JACS 2014; Ciapuccini et al, Eur J Endocrinol 2014; Maury et al, Anal Chem 2014; Pournaras et al, AAC 2014; Salzano et al, PNAS 2014; Obry et al, Theranostics 2015; Breton et al, Cell Metab 2015; Trouillard et al, Anal Chem, 2015; Ouidir et al., Proteomics 2015 ; Mullen et al, Sci Rep 20105; Young et al, Autophagy 2015, Arfi et al, PNAS 2016; Mezni et al, Molec Neurobiol 2016 ; Porte et al, J Cereb Blood Flow Metab 2016 ; Thakur et al, Cell Death DIff 2016 ; Clamens et al, Sci Rep 2017; Kentache et al, MCP 2017).


Départements et instrumentation

La plate-forme est composée de 3 départements (électrophorèse, spectrométrie de masse et chromatographie, micro-séquençage) et vient d’emménager dans un nouveau bâtiment (CURIB) avec des locaux dédiés et occupe plus de 750 m2 à l'Université de Rouen sur le site de Mont Saint Aignan (France).

Les principaux équipements acquis au cours des dernières années sont présentés ci-dessous :
Spectrométrie de masse et chromatographie
  • Easy-nLC / LTQ-Orbitrap Elite (Thermo Scientific),
  • UPLC 1290 / QQQ 6490 avec technologie iFunnel (Agilent),
  • Ultimate 3000 / Q-Exactive (Thermo Scientific), 
  • NanoLC / chip / QTOF 6520 (Agilent),
  • NanoLC / chip / Ion Trap 6340 (Agilent),
  • MALDI-TOFTOF Ultraflex (Bruker),
  • Ultimate 3000-probot (Dionex),
  • ProteomeLab ™ PF 2D (Beckman).























Microséquençage des protéines
  • Procise 492 (Applied Biosystems),
  • Procise 494 (Applied Biosystems),
  • Microblotter (Applied Biosytems).

Electrophorèse
  • IPGPhor (Pharmacia),
  • Multiphore II (Pharmacia),
  • IEFCell (BioRad),
  • PROTEAN II XL (BioRad), 
  • Dodeca Cell Criterion (BioRad),
  • Imageur biomoléculaire Typhoon ™ FLA 9500 (GE Healthcare),
  • Système OffGel (Agilent).

Automates dédiés
  • Multiprobe II (Perkin Elmer),
  • Biomek3000 (Beckman),
  • JANUS (Perkin Elmer),
  • Ettan ™ Spot Picker (Amersham),
  • Ettan ™ Digester (Amersham),


Logiciels dédiés
  • SameSpots (TotalLab),
  • Spectrum Mill (Agilent),
  • Progenesis QI (Waters),
  • Proteome Discoverer (Thermo Scientific),
  • Mascot (Matrix Sciences),
  • Peaks Studio (Bioinformatics Solutions),
  • Mass Profiler (Agilent),
  • Ingenuity Pathway Analysis (QIAGEN Bioinformatics).

I2C sera présent



25-28 Setembre 2018 - Perpignan
Natural Products & Biocontrol
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1er Octobre 2018 - Pomacle
Microalgues, de l'optimisation à la valorisation
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9-11 Octobre 2018 - Madrid
CPhI Worldwide
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17-18 Octobre 2018 - Lyon
Les rendez-vous R&D Carnot
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17-18 Octobre 2018 - Paris
Cosmetic 360
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20 Décembre 2018 - Tours
Colloque POLEPHARMA Bioproduction
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Esplanade de la Paix / CS 14032 / 14032 Caen Cedex 5